Le colonel O’Neill fit parti de la première mission vers Abydos. Il fût par la suite affecté au commandement de l’équipe phare du SGC, Sg-1. Avant de travailler au SGC, le colonel O’Neill faisait parti des Special-Ops de l’Air Force. Il effectua plusieurs missions périlleuses à travers le monde. O’Neill à participer en 1982 à une mission en Allemagne de l’Est pour récupérer un agent Russe. Lorsque son avion fût abattu pendant la première guerre du Golf, O’Neill fut alors prisonnier des Irakiens pendant quatre ans avant d’être libérer. Avant le programme "Porte des étoiles", Jack était marié et avait un fils, Charlie. Mais son fils s'est tué en jouant avec l'arme de son père. Jack et sa femme se sont séparé, et Jack accepte la mission suicide d'Abydos. Il prend ensuite sa retraite, mais le général Hammond le réintègre au SGC. Dans l'épisode pilote, on rencontre Skaraa : un jeune homme qui prend Jack pour modèle. Jack se lie d'amitié avec lui : il lui rappelle son fils. La première motivation de Jack à rejoindre SG-1 est Skaraa : il veut le retrouver car il a été enlevé par Apophis.
Jack a l'esprit du chef militaire : il est prêt à tout pour sauver ses hommes, et dès qu'il aperçoit un ennemi, tel que les Goa'ulds, sa seule envie est de décharger son P-90 sur lui. Sa principale qualité est sa spontanéité : il sait faire le bon choix au bon moment. Le trait que l'on retient de sa personnalité est l'humour : il ne se passe pas un épisode sans qu'il ne fasse la remarque qui nous fera mourir de rire, surtout dans les moments les plus désespérés. Il y a quelque chose qu'il ne supporte pas : les intellos. Scientifiques ou littéraires, il en est allergique, mais il finira par s'habituer à ses coéquipiers Sam et Daniel. En bref, il est le leader autoritaire, insubordonné, et plein d'humour.
