Stargate Atlantis raconte les aventures d’une équipe internationale de scientifiques et de militaires représentant la Terre qui a récemment découvert la mythique cité Atlantis abandonnée sur une planète éloignée dans la galaxie de Pégase. À partir de cet endroit, ils utiliseront un tout nouveau réseau de Porte des Étoiles qui les mèneront vers plusieurs planètes habitées par des humains. Malheureusement, lors de leur voyage inaugural, les membres de l'expédition réveillent involontairement les Wraiths, une race hostile ayant vaincut les Anciens il y a très longtemps.
